Εκτέλεση τεσσάρων δοκιμασιών ενίσχυσης νουκλεϊκών οξέων για την ταυτοποίηση του SARS-CoV-2 στην Αιθιοπία

Σας ευχαριστούμε που επισκεφθήκατε το Nature.com. Χρησιμοποιείτε μια έκδοση προγράμματος περιήγησης με περιορισμένη υποστήριξη CSS. Για την καλύτερη δυνατή εμπειρία, συνιστούμε να χρησιμοποιήσετε ένα ενημερωμένο πρόγραμμα περιήγησης (ή να απενεργοποιήσετε τη Λειτουργία συμβατότητας στον Internet Explorer). Επιπλέον, για να διασφαλίσουμε τη συνεχή υποστήριξη, εμφανίζουμε τον ιστότοπο χωρίς στυλ και JavaScript.
Εμφανίζει ένα καρουζέλ τριών διαφανειών ταυτόχρονα. Χρησιμοποιήστε τα κουμπιά Προηγούμενο και Επόμενο για να μετακινηθείτε σε τρεις διαφάνειες κάθε φορά ή χρησιμοποιήστε τα κουμπιά ρυθμιστικού στο τέλος για να μετακινηθείτε σε τρεις διαφάνειες κάθε φορά.
Από την έξαρση της νόσου του κορονοϊού (COVID-19) το 2019, πολλές εμπορικές δοκιμές ενίσχυσης νουκλεϊκών οξέων (NAAT) έχουν αναπτυχθεί σε όλο τον κόσμο και έχουν γίνει πρότυπες δοκιμασίες. Παρόλο που αρκετές δοκιμές αναπτύχθηκαν γρήγορα και εφαρμόστηκαν σε εργαστηριακές διαγνωστικές εξετάσεις, η απόδοση αυτών των δοκιμών δεν έχει αξιολογηθεί σε ποικίλα περιβάλλοντα. Επομένως, η παρούσα μελέτη στόχευε στην αξιολόγηση της απόδοσης των δοκιμασιών Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI και Sansure Biotech χρησιμοποιώντας το Σύνθετο Πρότυπο Αναφοράς (CRS). Η μελέτη διεξήχθη στο Ινστιτούτο Δημόσιας Υγείας της Αιθιοπίας (EPHI) από την 1η έως τις 30 Δεκεμβρίου 2020. 164 ρινοφαρυγγικά δείγματα εξήχθησαν χρησιμοποιώντας το κιτ QIAamp RNA mini και το σύστημα προετοιμασίας δειγμάτων DNA Abbott. Από τα 164 δείγματα, το 59,1% ήταν θετικά και το 40,9% ήταν αρνητικά για CRS. Η θετικότητα του Sansure Biotech ήταν σημαντικά χαμηλή σε σύγκριση με το CRS (p < 0,05). Η θετικότητα του Sansure Biotech ήταν σημαντικά χαμηλή σε σύγκριση με το CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению со CRS (p < 0,05). Τα θετικά αποτελέσματα της Sansure Biotech ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε σύγκριση με το CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 У Sansure Biotech было значительно помалку положильных результатов по сравнению со CRS (p < 0,05). Η Sansure Biotech είχε σημαντικά λιγότερα θετικά αποτελέσματα σε σύγκριση με την CRS (p < 0,05).Η συνολική συμφωνία των τεσσάρων αναλύσεων ήταν 96,3–100% σε σύγκριση με το CRS. Εκτός από το χαμηλό ποσοστό θετικότητας της δοκιμασίας Sansure Biotech, η απόδοση των τεσσάρων δοκιμασιών ήταν σχεδόν συγκρίσιμη. Ως εκ τούτου, η δοκιμασία Sansure Biotech [Μόνο για Έρευνα (RUO)] απαιτεί πρόσθετη επικύρωση για τη χρήση της στην Αιθιοπία. Τέλος, θα πρέπει να εξεταστεί η διεξαγωγή πρόσθετης έρευνας για την αξιολόγηση των δοκιμασιών με τους κατάλληλους ισχυρισμούς του κατασκευαστή.
Οι εργαστηριακές εξετάσεις αποτελούν μέρος του Στρατηγικού Σχεδίου Ετοιμότητας και Αντιμετώπισης (SPRP) του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας (ΠΟΥ) για την Νόσο του Κορονοϊού (COVID-19) 2019. Ο ΠΟΥ συμβουλεύει ότι οι χώρες πρέπει να δημιουργήσουν εργαστηριακή ικανότητα για τη βελτίωση της ετοιμότητας, της σωστής διαχείρισης κρουσμάτων, της επαγρύπνησης και της ταχείας αντίδρασης στις προκλήσεις της δημόσιας υγείας. Αυτό υποδηλώνει ότι ο ρόλος του εργαστηρίου είναι καθοριστικός για τον χαρακτηρισμό της νόσου και την επιδημιολογία των αναδυόμενων μολυσματικών παραγόντων και τον έλεγχο της εξάπλωσής τους.
Η διάγνωση της COVID-19 απαιτεί επιδημιολογικές και ιατρικές πληροφορίες, προσωπικά συμπτώματα/σημεία, καθώς και ακτινογραφικά και εργαστηριακά δεδομένα2. Από την αναφορά της επιδημίας COVID-19 στη Γουχάν της Κίνας, έχουν αναπτυχθεί πολλές εμπορικές δοκιμές ενίσχυσης νουκλεϊκών οξέων (NAAT) σε όλο τον κόσμο. Η αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης αντίστροφης μεταγραφής σε πραγματικό χρόνο (rRT-PCR) έχει χρησιμοποιηθεί ως συνήθης και τυπική μέθοδος για την εργαστηριακή διάγνωση της λοίμωξης από σοβαρό οξύ αναπνευστικό σύνδρομο 2 (SARS-CoV-2)3. Η μοριακή ανίχνευση του SARS-CoV-2 βασίζεται συνήθως στα γονίδια N (γονίδιο πρωτεΐνης νουκλεοκαψιδίου), E (γονίδιο πρωτεΐνης φακέλου) και RdRp (γονίδιο RNA πολυμεράσης εξαρτώμενης από RNA) στην περιοχή ORF1a/b (γονίδιο ανοιχτού πλαισίου ανάγνωσης 1a/b). που αναγνωρίζεται από το ιικό γονιδίωμα. Θεωρούνται οι κύριες διατηρημένες περιοχές που βρίσκονται στα ιικά γονιδιώματα για την αναγνώριση του ιού4. Μεταξύ αυτών των γονιδίων, τα γονίδια RdRp και E έχουν υψηλή ευαισθησία αναλυτικής ανίχνευσης, ενώ το γονίδιο N έχει χαμηλή αναλυτική ευαισθησία5.
Η απόδοση των δοκιμασιών PCR μπορεί να ποικίλλει ανάλογα με διάφορους παράγοντες, όπως: αντιδραστήρια εκχύλισης, αντιδραστήρια ενίσχυσης/ανίχνευσης, μέθοδος εκχύλισης, ποιότητα της μηχανής PCR και άλλα όργανα. Από τον Απρίλιο του 2020, περισσότερες από 48 διαφορετικές διαγνωστικές συσκευές από εννέα χώρες έχουν λάβει Άδεια Χρήσης Έκτακτης Ανάγκης (EUA) για διαγνωστικά COVID-196. Στην Αιθιοπία, χρησιμοποιούνται περισσότερες από 14 πλατφόρμες PCR πραγματικού χρόνου για την ανίχνευση PCR του SARS-CoV-2 σε 26 δημόσια ιδρύματα υγείας, συμπεριλαμβανομένων των ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 και Quant-studio7. Επιπλέον, διατίθενται διάφορα κιτ δοκιμών PCR, όπως το Daan Gene test, το Abbott SARS-CoV-2 test, το Sansure Biotech test και το SARS-CoV-2 BGI test. Παρόλο που η rRT-PCR είναι εξαιρετικά ευαίσθητη, ορισμένοι ασθενείς με COVID-19 αναφέρουν ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα λόγω ανεπαρκών αντιγράφων του ιικού ριβονουκλεϊκού οξέος (RNA) σε δείγματα λόγω ακατάλληλης συλλογής, μεταφοράς, αποθήκευσης και χειρισμού, καθώς και εργαστηριακών δοκιμών. συνθήκες και ενέργειες του προσωπικού8. Επιπλέον, ο κακός χειρισμός του δείγματος ή του μάρτυρα, ο καθορισμός του κατωφλίου κύκλου (Ct) και η διασταυρούμενη αντιδραστικότητα με άλλα παθογόνα νουκλεϊκά οξέα ή ανενεργό/υπολειμματικό RNA του SARS-CoV-2 μπορούν να οδηγήσουν σε ψευδώς θετικά αποτελέσματα στις δοκιμασίες rRT-PCR9. Έτσι, είναι σαφές ότι οι δοκιμές PCR μπορούν πράγματι να εντοπίσουν φορείς θραυσμάτων γονιδίων, καθώς δεν μπορούν καν να διακρίνουν μεταξύ πραγματικά ενεργών ιικών γονιδίων, επομένως οι δοκιμές μπορούν να εντοπίσουν μόνο φορείς και όχι ασθενείς10. Επομένως, είναι σημαντικό να αξιολογηθεί η διαγνωστική απόδοση χρησιμοποιώντας τυπικές μεθόδους στο περιβάλλον μας. Παρόλο που πολλά αντιδραστήρια NAAT είναι διαθέσιμα στο Ινστιτούτο Δημόσιας Υγείας της Αιθιοπίας (EPHI) και σε όλη τη χώρα, δεν έχει ακόμη αναφερθεί συγκριτική αξιολόγηση της αποτελεσματικότητάς τους. Επομένως, η παρούσα μελέτη στόχευε στην αξιολόγηση της συγκριτικής απόδοσης των εμπορικά διαθέσιμων κιτ για την ανίχνευση του SARS-CoV-2 με rRT-PCR χρησιμοποιώντας κλινικά δείγματα.
Συνολικά, σε αυτή τη μελέτη συμπεριλήφθηκαν 164 συμμετέχοντες με ύποπτη νόσο COVID-19. Η πλειονότητα των δειγμάτων προέρχονταν από κέντρα θεραπείας (118/164 = 72%), ενώ οι υπόλοιποι 46 (28%) συμμετέχοντες προέρχονταν από κέντρα που δεν λάμβαναν θεραπεία. Μεταξύ των συμμετεχόντων που δεν έλαβαν θεραπεία στο κέντρο, 15 (9,1%) είχαν κλινικά ύποπτα κρούσματα και 31 (18,9%) είχαν επαφές επιβεβαιωμένων κρουσμάτων. Ενενήντα τρεις (56,7%) συμμετέχοντες ήταν άνδρες και η μέση (± SD) ηλικία των συμμετεχόντων ήταν 31,10 (± 11,82) έτη.
Σε αυτήν τη μελέτη, προσδιορίστηκαν τα ποσοστά θετικών και αρνητικών αποτελεσμάτων τεσσάρων τεστ για COVID-19. Έτσι, τα ποσοστά θετικών αποτελεσμάτων της δοκιμασίας Abbott SARS-CoV-2, της δοκιμασίας Daan Gene 2019-nCoV, της δοκιμασίας SARS-CoV-2 BGI και της δοκιμασίας Sansure Biotech 2019-nCoV ήταν 59,1%, 58,5%, 57,9% και 55,5% αντίστοιχα. Οι θετικές και αρνητικές βαθμολογίες σύνθετου προτύπου αναφοράς (CRS) ήταν 97 (59,1%) και 67 (40,9%) αντίστοιχα (Πίνακας 1). Σε αυτήν τη μελέτη, ο ορισμός του CRS βασίστηκε στον κανόνα «οποιοδήποτε θετικό», σύμφωνα με τον οποίο από τέσσερα αποτελέσματα τεστ, δύο ή περισσότερα αποτελέσματα τεστ που έδωσαν το ίδιο αποτέλεσμα θεωρήθηκαν πραγματικά θετικά ή αρνητικά.
Σε αυτήν τη μελέτη, διαπιστώσαμε αρνητική ποσοστιαία συμφωνία (NPA) 100% (95% CI 94,6–100) για όλες τις αναλύσεις σε σύγκριση με το CRS. Η ανάλυση Sansure Biotechnology έδειξε ελάχιστη PPA 93,8% (95% CI 87,2-97,1) και η ανάλυση Daan Gene 2019-nCoV είχε συνολική συμφωνία 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Αντίθετα, η συνολική συμφωνία μεταξύ της δοκιμασίας SARS-CoV-2 BGI και της δοκιμασίας Sansure Biotech 2019-nCoV ήταν 98,8% και 96,3%, αντίστοιχα (Πίνακας 2).
Ο συντελεστής συμφωνίας κάππα του Cohen μεταξύ των αποτελεσμάτων της δοκιμασίας CRS και της δοκιμασίας Abbott SARS-CoV-2 ήταν πλήρως συνεπής (K = 1,00). Ομοίως, οι τιμές κάππα του Cohen που ανιχνεύθηκαν από τα Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI και Sansure Biotech 2019-nCoV είναι επίσης πλήρως συμβατές με το CRS (K ≥ 0,925). Σε αυτήν τη συγκριτική ανάλυση, το τεστ χ2 (τεστ McNemar) έδειξε ότι τα αποτελέσματα της δοκιμασίας Sansure Biotech 2019-nCoV ήταν σημαντικά διαφορετικά από τα αποτελέσματα της δοκιμασίας CRS (p = 0,031) (Πίνακας 2).
Όπως φαίνεται στο Σχ.1 το ποσοστό της χαμηλότερης τιμής Ct (< 20 Ct) της δοκιμασίας Abbott SARS-CoV-2 (συνδυασμός γονιδίων RdRp και N) ήταν 87,6% και η τιμή Ct του γονιδίου ORF1a/b της δοκιμασίας Sansure Biotech 2019-nCoV έδειξε ότι το ποσοστό της χαμηλής τιμής Ct (< 20 Ct) ήταν 50,3% και της υψηλής τιμής Ct (36–40 Ct) ήταν 3,2%. 1 το ποσοστό της χαμηλότερης τιμής Ct (< 20 Ct) της δοκιμασίας Abbott SARS-CoV-2 (συνδυασμός γονιδίων RdRp και N) ήταν 87,6% και η τιμή Ct του γονιδίου ORF1a/b της δοκιμασίας Sansure Biotech 2019-nCoV έδειξε ότι το ποσοστό της χαμηλής τιμής Ct (< 20 Ct) ήταν 50,3% και της υψηλής τιμής Ct (36–40 Ct) ήταν 3,2%.Όπως φαίνεται στο Σχ.1, ποσοστό της τιμής Ct (< 20 Ct) ανάλυση Abbott SARS-CoV-2 (συνδυασμός γεν RdRp και N) αποτελείτο 87,6%, μια σημασία Ct στην ORF1a/b ανάλυση Sansure Biotech 2019-nCoV (2019-nCoV) Ct) αποτελείταιлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) αποτελεί 3,2%. 1, το ποσοστό της ανάλυσης της χαμηλότερης τιμής Ct (< 20 Ct) του Abbott SARS-CoV-2 (συνδυασμένο γονίδιο RdRp και N) ήταν 87,6% και η τιμή Ct της ανάλυσης του γονιδίου ORF1a/b του Sansure Biotech 2019-nCoV έδειξε ότι το ποσοστό της χαμηλής τιμής Ct (< 20 Ct) αντιπροσώπευε το 50,3% και της υψηλής τιμής Ct (36–40 Ct) αντιπροσώπευε το 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 60%otech. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct6(3)的百分比为3,2%. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1, το χαμηλότερο ποσοστό τιμής Ct (< 20 Ct) της δοκιμής Abbott SARS-CoV-2 (συνδυασμός γονιδίων RdRp και N) είναι 87,6%, η τιμή Ct του γονιδίου ORF1a/b της δοκιμής Sansure Biotech 2019-nCoV δείχνει χαμηλό ποσοστό Ct (< 20 Ct) είναι 50,3%, και το ποσοστό Ct (36–40 Ct) είναι 3,2%. Ως γνωστόν στο рисунке 1, αναλύει το Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) ονομάστηκε μόνο λιγότερη σημασία Ct (< 20 Ct) σε ποσοστό 87,6%, μια σημασία Ct гена ORF1a/b Ana2 Technique IV. nCoV показал низкий Ct. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1, η δοκιμασία Abbott SARS-CoV-2 (που συνδυάζει τα γονίδια RdRp και N) είχε τη χαμηλότερη ποσοστιαία τιμή Ct (< 20 Ct) στο 87,6%, ενώ η τιμή Ct του γονιδίου ORF1a/b στη μελέτη Sansure Biotech 2019 - Η ανάλυση του nCoV έδειξε χαμηλή τιμή Ct. Το ποσοστό της τιμής Ct (< 20 Ct) ήταν 50,3%, το ποσοστό της τιμής Ct (36–40 Ct) ήταν 3,2%. Το ποσοστό των τιμών (< 20 Ct) ήταν 50,3% και το ποσοστό των υψηλών τιμών Ct (36–40 Ct) ήταν 3,2%.Το τεστ Abbott SARS-CoV-2 B κατέγραψε τιμές Ct άνω του 30. Από την άλλη πλευρά, στην ανάλυση BGI SARS-CoV-2, το γονίδιο ORF1a/b είχε υψηλή τιμή Ct (> 36 Ct) με ποσοστό 4% (Εικ. 1). Από την άλλη πλευρά, στην ανάλυση BGI SARS-CoV-2, το γονίδιο ORF1a/b είχε υψηλή τιμή Ct (> 36 Ct) με ποσοστό 4% (Εικ. 1). Во другото стороны, στην ανάλυση του BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b ονομαστική τιμή Ct (> 36 Ct), ποσοστό που αντιστοιχεί σε 4% (ρίσ. 1). Από την άλλη πλευρά, στην ανάλυση του BGI SARS-CoV-2, το γονίδιο ORF1a/b είχε υψηλή τιμή Ct (> 36 Ct), το ποσοστό της οποίας ήταν 4% (Εικ. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比中 Από την άλλη πλευρά, στην ανίχνευση του SARS-CoV-2 με BGI, το ποσοστό του γονιδίου ORF1a/b με υψηλή τιμή Ct (>36 Ct) είναι 4% (Σχήμα 1). Во другото стороны, στην ανάλυση του BGI SARS-CoV-2, το ποσοστό του ORF1a/b με την αξία του Ct (>36 Ct) είναι 4% (ρίς 1). Από την άλλη πλευρά, στην ανάλυση BGI SARS-CoV-2, το ποσοστό των γονιδίων ORF1a/b με υψηλές τιμές Ct (>36 Ct) ήταν 4% (Εικ. 1).
Σε αυτήν τη μελέτη, λάβαμε 164 ρινοφαρυγγικά δείγματα. Για όλους τους τύπους δοκιμασιών, η απομόνωση και η ενίσχυση RNA πραγματοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τις μεθόδους και τα κιτ που συνιστώνται από τους αντίστοιχους κατασκευαστές.
Αυτή η μελέτη κατέδειξε ότι το τεστ Abbott για τον SARS-CoV-2 έχει την ίδια απόδοση ανίχνευσης με το CRS, με 100% θετική, αρνητική και συνολική συμφωνία. Η συμφωνία κάππα του Cohen είναι 1,00, υποδεικνύοντας πλήρη συμφωνία με το CRS. Μια παρόμοια μελέτη από το Πανεπιστήμιο της Ουάσινγκτον στις ΗΠΑ διαπίστωσε ότι η συνολική ευαισθησία και ειδικότητα του τεστ Abbott για τον SARS-CoV-2 ήταν 93% και 100%, αντίστοιχα, σε σύγκριση με την εργαστηριακά προσδιορισμένη δοκιμασία (LDA) του CDC. 11. Το σύστημα ανίχνευσης Abbott SARS-CoV-2 βασίζεται στην ταυτόχρονη συνδυασμένη ανίχνευση των γονιδίων N και RdRp, καθώς και τα δύο γονίδια είναι πιο ευαίσθητα, ελαχιστοποιώντας τα ψευδώς αρνητικά12. Μια μελέτη στη Βιέννη της Αυστρίας έδειξε επίσης ότι οι μεγάλοι όγκοι δειγμάτων εκχύλισης και οι όγκοι εκλούτη ανίχνευσης ελαχιστοποίησαν τα φαινόμενα αραίωσης και αύξησαν την αποτελεσματικότητα ανίχνευσης13. Έτσι, η τέλεια αντιστοιχία της Abbott για τη δοκιμασία SARS-CoV-2 μπορεί να συσχετιστεί με ένα σύστημα ανίχνευσης πλατφόρμας που ανιχνεύει ταυτόχρονα συνδυαστικά γονίδια, εξάγει μεγάλο αριθμό δειγμάτων (0,5 ml) και χρησιμοποιεί μεγάλη ποσότητα εκλούτη (40 µl).
Τα αποτελέσματά μας έδειξαν επίσης ότι η απόδοση ανίχνευσης του γενετικού τεστ Daan ήταν σχεδόν η ίδια με αυτή του CRS. Αυτό συμφωνεί με μια μελέτη14 που διεξήχθη στο Πανεπιστήμιο Anhui στο Huainan της Κίνας, και τον ισχυρισμό του κατασκευαστή για 100% θετική συμφωνία. Παρά τις αναφορές για συνεπή αποτελέσματα, ένα δείγμα ήταν ψευδώς αρνητικό μετά την επανεξέταση του ίδιου εκλούσματος, αλλά ήταν θετικό στις δοκιμασίες Abbott SARS-CoV-2 και Sansure Biotech nCoV-2019. Αυτό υποδηλώνει ότι μπορεί να υπάρχει μεταβλητότητα στα αποτελέσματα μεταξύ διαφορετικών τύπων δοκιμασιών. Παρ 'όλα αυτά, στη μελέτη που διεξήχθη στην Κίνα15, το αποτέλεσμα της δοκιμασίας Daan Gene ήταν σημαντικά διαφορετικό (p < 0,05) σε σύγκριση με την εργαστηριακά καθορισμένη δοκιμασία αναφοράς. Παρ 'όλα αυτά, στη μελέτη που διεξήχθη στην Κίνα15, το αποτέλεσμα της δοκιμασίας Daan Gene ήταν σημαντικά διαφορετικό (p < 0,05) σε σύγκριση με την εργαστηριακά καθορισμένη δοκιμασία αναφοράς. Тем не мие, в исследовании, проведенном во Китае15, αποτέλεσμα ανάλυσης Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) από их лабораторного эталонного ανάλυση. Ωστόσο, σε μια μελέτη στην Κίνα15, το αποτέλεσμα της ανάλυσης του Daan Gene ήταν σημαντικά διαφορετικό (p < 0,05) από την εργαστηριακή ανάλυση αναφοράς.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном во Китае15, результаты генетски теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению со его эталонным лабораторным тестом. Ωστόσο, σε μια μελέτη στην Κίνα15, τα αποτελέσματα της γενετικής εξέτασης του Daan ήταν σημαντικά διαφορετικά (p < 0,05) σε σύγκριση με την εργαστηριακή εξέταση αναφοράς.Αυτή η ασυμφωνία μπορεί να οφείλεται στην ευαισθησία του τεστ αναφοράς για την ανίχνευση του SARS-CoV-2 και περαιτέρω μελέτες μπορεί να είναι σημαντικές για τον προσδιορισμό της αιτίας.
Επιπλέον, η μελέτη μας αξιολόγησε τη συγκριτική απόδοση της δοκιμασίας BGI του SARS-CoV-2 με το CRS, δείχνοντας εξαιρετική θετική ποσοστιαία συμφωνία (PPA = 97,9%), αρνητική ποσοστιαία συμφωνία (NPA = 100%) και συνολική ποσοστιαία συμφωνία ανά φύλο (OPA). = 98,8%). Οι τιμές Cohen's Kappa έδειξαν καλή συμφωνία (K = 0,975). Μελέτες στην Ολλανδία16 και την Κίνα15 έχουν δείξει συνεπή αποτελέσματα. Η δοκιμή BGI του SARS-CoV-2 είναι μια δοκιμή ανίχνευσης ενός γονιδίου (ORF1a/b) που χρησιμοποιεί 10 µl έκλουσμα ενίσχυσης/ανίχνευσης. Παρά την καλή στατιστική συμφωνία με τα αποτελέσματα αναφοράς μας, η ανάλυση έχασε δύο θετικά δείγματα (1,22%) του συνολικού δείγματος. Αυτό μπορεί να έχει τεράστιες κλινικές επιπτώσεις στη δυναμική μετάδοσης τόσο σε επίπεδο ασθενούς όσο και σε επίπεδο κοινότητας.
Μια άλλη συγκριτική ανάλυση που συμπεριλήφθηκε σε αυτήν τη μελέτη ήταν η δοκιμασία Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO). Το συνολικό ποσοστό αντιστοίχισης ήταν 96,3%. Η ισχύς της συμφωνίας καθορίστηκε επίσης από την τιμή Cohen's Kappa, η οποία ήταν 0,925, υποδεικνύοντας πλήρη συμφωνία με το CRS. Και πάλι, τα αποτελέσματά μας είναι πανομοιότυπα με μελέτες που διεξήχθησαν στο Central South University στην Τσανγκσά της Κίνας και στο Τμήμα Κλινικών Εργαστηρίων του Λαϊκού Νοσοκομείου Liuzhou, στην πόλη Liuzhou της Κίνας17. Παρόλο που καταγράφηκε η παραπάνω καλή στατιστική συμφωνία, το τεστ χ2 (τεστ MacNemar) έδειξε ότι το αποτέλεσμα της δοκιμασίας Sansure Biotech είχε στατιστικά σημαντική διαφορά σε σύγκριση με το CRS (p < 0,005). Παρόλο που καταγράφηκε η παραπάνω καλή στατιστική συμφωνία, το τεστ χ2 (τεστ MacNemar) έδειξε ότι το αποτέλεσμα της δοκιμασίας Sansure Biotech είχε στατιστικά σημαντική διαφορά σε σύγκριση με το CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Манемара) показал, что результат ανάλυση Sansure Biotech ονομάζει στατιστικά με 0,00 C. Παρόλο που καταγράφηκε η καλή στατιστική συμφωνία που αναφέρθηκε παραπάνω, η δοκιμή χ2 (δοκιμασία McNemar) έδειξε ότι το αποτέλεσμα της δοκιμασίας Sansure Biotech είχε στατιστικά σημαντική διαφορά σε σύγκριση με το CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p <0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005…………………………………………………. Несмотря на отмеченное выше хорошее статистичко соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Манемара) показал статистически значимую ζωηρά (p < 0,005) меѓу αναλυτές Sansure Biotech και CRS. Παρά την καλή στατιστική συμφωνία που σημειώθηκε παραπάνω, η δοκιμή χ2 (δοκιμασία McNemar) έδειξε στατιστικά σημαντική διαφορά (p < 0,005) μεταξύ της δοκιμασίας Sansure Biotech και του CRS.Έξι δείγματα (3,66%) βρέθηκαν ψευδώς αρνητικά σε σύγκριση με το CRS (Συμπληρωματικός Πίνακας 1). Αυτό είναι πολύ σημαντικό, ειδικά δεδομένης της δυναμικής μετάδοσης του ιού. Τα παραπάνω δεδομένα υποστηρίζουν επίσης αυτό το χαμηλό ποσοστό ανίχνευσης15.
Σε αυτήν τη μελέτη, προσδιορίστηκαν οι τιμές Ct για κάθε δοκιμασία και αντίστοιχη πλατφόρμα, με τη χαμηλότερη μέση τιμή Ct να αναφέρεται στη δοκιμασία Abbott SARS-CoV-2. Αυτό το αποτέλεσμα μπορεί να σχετίζεται με το σύστημα ταυτόχρονης συνδυασμένης γενετικής εξέτασης της Abbott για την ανίχνευση του SARS-CoV-2. Επομένως, σύμφωνα με το Σχήμα 1, το 87,6% των αποτελεσμάτων του Abbott SARS-CoV-2 είχε τιμές Ct κάτω από 20. Μόνο ένας μικρός αριθμός αποτελεσμάτων δειγμάτων (12,4%) ήταν στην περιοχή 20-30. Δεν καταγράφηκαν τιμές Ct άνω του 30. Εκτός από τη χρήση της μορφής γενετικής εξέτασης πάνελ SARS-CoV-2 από την Abbott, αυτό το αποτέλεσμα μπορεί να σχετίζεται με το χαμηλότερο όριο ανίχνευσης (32,5 αντίγραφα RNA/mL)18, το οποίο είναι τρεις φορές χαμηλότερο από το χαμηλότερο όριο της εταιρείας των 100 αντιγράφων RNA/mL. ml)19.
Αυτή η μελέτη έχει ορισμένους περιορισμούς: πρώτον, δεν διαθέτουμε τυποποιημένες/αναφορικές μεθόδους [όπως ιικό φορτίο ή άλλες εργαστηριακές εξετάσεις (LDA)] λόγω έλλειψης πόρων. Δεύτερον, όλα τα δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη ήταν ρινοφαρυγγικά επιχρίσματα, ενώ τα αποτελέσματα δεν ήταν εφαρμόσιμα σε άλλους τύπους δειγμάτων και, τρίτον, το μέγεθος του δείγματός μας ήταν μικρό.
Αυτή η μελέτη συνέκρινε την απόδοση τεσσάρων δοκιμασιών rRT-PCR για τον SARS-CoV-2 χρησιμοποιώντας ρινοφαρυγγικά δείγματα. Όλες οι δοκιμασίες ανίχνευσης είχαν σχεδόν συγκρίσιμη απόδοση, με εξαίρεση τη δοκιμασία Sansure Biotech. Επιπλέον, το χαμηλό ποσοστό θετικότητας εντοπίστηκε στη δοκιμασία Sansure Biotech σε σύγκριση με το CRS (p < 0,05). Επιπλέον, το χαμηλό ποσοστό θετικότητας εντοπίστηκε στη δοκιμασία Sansure Biotech σε σύγκριση με το CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен ниско ниво потрошеност положительных результатов по сравнению со CRS (p < 0,05). Επιπλέον, η δοκιμή Sansure Biotech έδειξε χαμηλό ποσοστό θετικών αποτελεσμάτων σε σύγκριση με το CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech όνομαл може да се спореди со CRS (p < 0,05). Επιπλέον, η δοκιμασία Sansure Biotech είχε χαμηλότερο ποσοστό θετικότητας σε σύγκριση με το CRS (p < 0,05).Η ανάλυση PPA, NPA και συνολικής συμφωνίας από την Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) ξεπέρασε το 93,5% με τιμή συμφωνίας Cohen Kappa 0,925. Τέλος, η Δοκιμασία Sansure Biotech (RUO) χρειάζεται περαιτέρω επικύρωση για χρήση στην Αιθιοπία και θα πρέπει να εξεταστεί η διεξαγωγή πρόσθετης έρευνας για την αξιολόγηση των ισχυρισμών από μεμονωμένους κατασκευαστές.
Ο σχεδιασμός της συγκριτικής μελέτης διεξήχθη σε τέσσερις μονάδες υγείας στην Αντίς Αμπέμπα, το Νοσοκομείο Eka Kotebe, το Κέντρο Θεραπείας Millennium Church, το Νοσοκομείο Zewooditu Memorial και το Ειδικό Νοσοκομείο Φυματίωσης St. Peter's. Τα δεδομένα συλλέχθηκαν μεταξύ 1ης και 31ης Δεκεμβρίου 2020. Οι ιατρικές μονάδες για αυτήν τη μελέτη επιλέχθηκαν σκόπιμα με βάση τον υψηλό αριθμό κρουσμάτων και τη διαθεσιμότητα των μεγάλων κέντρων θεραπείας στην πόλη. Ομοίως, επιλέχθηκαν όργανα, συμπεριλαμβανομένων των οργάνων PCR πραγματικού χρόνου ABI 7500 και Abbott m2000, σύμφωνα με τις συστάσεις των κατασκευαστών αντιδραστηρίων NAAT, και επιλέχθηκαν τέσσερα κιτ ανίχνευσης PCR για αυτήν τη μελέτη, καθώς τα περισσότερα εργαστήρια στην Αιθιοπία χρησιμοποίησαν τουλάχιστον τέσσερα από αυτά. Γονιδιακό τεστ, τεστ Abbott SARS-CoV-2, τεστ Sansure Biotech και τεστ SARS-CoV-2 BGI (που πραγματοποιήθηκαν κατά τη διάρκεια της μελέτης).
Οι εξετάσεις για τον SARS-CoV-2 πραγματοποιήθηκαν από 1 έως 30 Δεκεμβρίου 2020 χρησιμοποιώντας 3 ml Ιικού Μεταφορικού Μέσου (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Κίνα) από άτομα που ερευνήθηκαν για COVID-19 και παραπέμφθηκαν στο EPHI. Τα ρινοφαρυγγικά δείγματα συλλέχθηκαν από εκπαιδευμένους συλλέκτες δειγμάτων και στάλθηκαν στο EPHI σε τριπλές συσκευασίες. Πριν από την απομόνωση νουκλεϊκού οξέος, σε κάθε δείγμα αποδίδεται ένας μοναδικός αριθμός αναγνώρισης. Η εξαγωγή πραγματοποιείται από κάθε δείγμα αμέσως μετά την άφιξη χρησιμοποιώντας χειροκίνητες και αυτόματες μεθόδους εξαγωγής. Έτσι, για την αυτόματη εξαγωγή του Abbott m2000, 1,3 ml (συμπεριλαμβανομένων 0,8 ml νεκρού όγκου και 0,5 ml όγκου εισόδου εξαγωγής) του δείγματος εξήχθησαν από κάθε δείγμα και διήλθαν μέσω του Συστήματος Προετοιμασίας Δείγματος DNA της Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ΗΠΑ). Μια παρτίδα 96 [92 δείγματα, δύο έλεγχοι ανίχνευσης και δύο έλεγχοι εκτός προτύπου (NTC)] συμπεριλήφθηκε στη συνολική διαδικασία (ανάκτηση και ανίχνευση) δύο γύρων SARS-CoV-2 (EUA) σε πραγματικό χρόνο. εξόρυξη. Ομοίως, για χειροκίνητη εκχύλιση, χρησιμοποιήστε τα ίδια δείγματα (για αυτόματη εκχύλιση και ανακάλυψη). Έτσι, καθ' όλη τη διάρκεια της διαδικασίας, δείγματα 140 µl διαιρέθηκαν σε κλάσματα και εκχυλίστηκαν χρησιμοποιώντας το QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Γερμανία) σε παρτίδες των 24 (συμπεριλαμβανομένων 20 δειγμάτων, δύο μαρτύρων δοκιμασίας και δύο NTC) σε εννέα γύρους. Τα χειροκίνητα εκχυλισμένα εκλούσματα ενισχύθηκαν και ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας έναν θερμικό κυκλοποιητή ABI 7500 χρησιμοποιώντας δοκιμασία SARS-CoV-2 BGI, δοκιμασία Daan Gene και δοκιμασία Sansure Biotech.
Η αυτοματοποιημένη απομόνωση και καθαρισμός του ιικού RNA του SARS-CoV-2 ακολουθεί την αρχή της μαγνητικής χάντρας χρησιμοποιώντας αντιδραστήρια προετοιμασίας δειγμάτων DNA της Abbott. Η απενεργοποίηση των δειγμάτων και η διαλυτοποίηση των ιικών σωματιδίων πραγματοποιείται χρησιμοποιώντας ένα απορρυπαντικό που περιέχει ισοθειοκυανική γουανιδίνη για την αποδιάταξη της πρωτεΐνης και την απενεργοποίηση της RNάσης. Το RNA στη συνέχεια διαχωρίζεται από την πρωτεΐνη με διαχωρισμό στερεάς φάσης χρησιμοποιώντας πυρίτιο, δηλαδή το άλας γουανιδινίου και το αλκαλικό pH του ρυθμιστικού διαλύματος λύσης προάγουν τη σύνδεση των νουκλεϊκών οξέων με το πυρίτιο (SiO2). Το βήμα έκπλυσης απομακρύνει τις υπόλοιπες πρωτεΐνες και τα υπολείμματα για να παράγει ένα διαυγές διάλυμα. Το διαφανές RNA απομονώνεται από μικροσωματίδια με βάση το πυρίτιο χρησιμοποιώντας το μαγνητικό πεδίο του οργάνου20,21. Από την άλλη πλευρά, η χειροκίνητη απομόνωση και ο καθαρισμός του RNA πραγματοποιείται με τη μέθοδο της στήλης περιστροφής χρησιμοποιώντας φυγοκέντρηση αντί για μαγνητική βάση και διαχωρισμό των μικροσωματιδίων από το έκλουσμα.
Η δοκιμή ανίχνευσης SARS-CoV-2 σε πραγματικό χρόνο Abbott (Abbott Molecular, Inc.) πραγματοποιήθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή, οι οποίες έλαβαν άδεια EUA19,22 από τον ΠΟΥ και τον FDA. Σε αυτό το πρωτόκολλο, η απενεργοποίηση του δείγματος πριν από την εκχύλιση πραγματοποιήθηκε σε υδατόλουτρο στους 56 °C για 30 λεπτά. Μετά την απενεργοποίηση του ιού, η εκχύλιση νουκλεϊκού οξέος πραγματοποιήθηκε σε όργανο Abbott m2000 SP από 0,5 ml VTM χρησιμοποιώντας σύστημα προετοιμασίας δείγματος DNA Abbott m2000, σύμφωνα με τον κατασκευαστή. Η ενίσχυση και η ανίχνευση πραγματοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας όργανο Abbott m2000 RT-PCR και πραγματοποιήθηκε διπλή ανίχνευση για τα γονίδια RdRp και N (ROX) και VIC P (ιδιόκτητη χρωστική) για στόχευση και ανίχνευση εσωτερικών μαρτύρων, επιτρέποντας την ταυτόχρονη ανίχνευση και των δύο προϊόντων ενίσχυσης 19.
Η μέθοδος ανίχνευσης ενίσχυσης αυτού του κιτ βασίζεται στην τεχνολογία RT-PCR ενός βήματος. Τα γονίδια ORF1a/b και N επιλέχθηκαν ως διατηρημένες περιοχές από την Daan Gene Technology για την ανίχνευση ενίσχυσης περιοχής-στόχου. Ειδικοί εκκινητές και φθορίζοντες ανιχνευτές (ανιχνευτές γονιδίων N επισημασμένοι με FAM, ανιχνευτές ORF1a/b επισημασμένοι με VIC) έχουν σχεδιαστεί για την ανίχνευση RNA του SARS-CoV-2 σε δείγματα. Το τελικό έκλουσμα και τα κύρια μείγματα παρασκευάστηκαν προσθέτοντας 5 µl έκλουσματος σε 20 µl του κύριου μείγματος σε τελικό όγκο 25 µl. Η ενίσχυση και η ανίχνευση πραγματοποιήθηκαν ταυτόχρονα σε ένα όργανο PCR πραγματικού χρόνου ABI 750024.
Τα γονίδια ORF1a/b και N ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας το Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (ανίχνευση φθορίζουσας PCR). Προετοιμάστε ειδικούς ανιχνευτές για κάθε γονίδιο-στόχο επιλέγοντας το κανάλι FAM για την περιοχή ORF1a/b και το κανάλι ROX για το γονίδιο N. Σε αυτό το κιτ δοκιμασίας, προστίθενται αντιδραστήρια έκλουσης και κύριου μείγματος ως εξής: παρασκευάστε 30 µl αντιδραστηρίου κύριου μείγματος και 20 µl εκλουσμένου δείγματος για ανίχνευση/ενίσχυση. Για την ενίσχυση/ανίχνευση χρησιμοποιήθηκε PCR πραγματικού χρόνου ABI 750025.
Το τεστ BGI για τον ιό SARS-CoV-2 είναι ένα κιτ rRT-PCR πραγματικού χρόνου φθορισμού για τη διάγνωση της COVID-19. Η περιοχή-στόχος βρίσκεται στην περιοχή ORF1a/b του γονιδιώματος του SARS-CoV-2, η οποία αποτελεί μέθοδο ανίχνευσης ενός μόνο γονιδίου. Επιπλέον, το ανθρώπινο γονίδιο housekeeping β-ακτίνη είναι ένα εσωτερικά ρυθμιζόμενο γονίδιο-στόχος. Το κύριο μείγμα παρασκευάζεται αναμειγνύοντας 20 µl του αντιδραστηρίου κύριου μείγματος και 10 µl του εκχυλισμένου δείγματος RNA σε μια πλάκα φρεατίων26. Για την ενίσχυση και την ανίχνευση χρησιμοποιήθηκε ένα όργανο ποσοτικής PCR πραγματικού χρόνου φθορισμού ABI 7500. Όλες οι διαδικασίες ενίσχυσης νουκλεϊκών οξέων, οι συνθήκες εκτέλεσης PCR για κάθε δοκιμασία και η ερμηνεία των αποτελεσμάτων πραγματοποιήθηκαν σύμφωνα με τις αντίστοιχες οδηγίες του κατασκευαστή (Πίνακας 3).
Σε αυτήν τη συγκριτική ανάλυση, δεν χρησιμοποιήσαμε τη μέθοδο αναφοράς για να προσδιορίσουμε το ποσοστό συμφωνίας (θετικό, αρνητικό και συνολικό) και άλλες παραμέτρους σύγκρισης για τις τέσσερις αναλύσεις. Κάθε σύγκριση δοκιμών έγινε με CRS. Σε αυτήν τη μελέτη, το CRS ορίστηκε από τον κανόνα «οποιοδήποτε θετικό» και το αποτέλεσμα προσδιορίστηκε, όχι από ένα μόνο τεστ. Χρησιμοποιήσαμε τουλάχιστον δύο αντίστοιχα αποτελέσματα δοκιμών. Επιπλέον, στην περίπτωση μετάδοσης COVID-19, τα ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα είναι πιο επικίνδυνα από τα ψευδώς θετικά αποτελέσματα. Επομένως, για να πούμε «θετικό» με την μεγαλύτερη δυνατή ακρίβεια από ένα αποτέλεσμα CRS, τουλάχιστον δύο δοκιμές δοκιμασίας πρέπει να είναι θετικές, πράγμα που σημαίνει ότι τουλάχιστον ένα θετικό αποτέλεσμα είναι πιθανό να προέρχεται από μια δοκιμασία EUA. Έτσι, από τα τέσσερα αποτελέσματα δοκιμών, δύο ή περισσότερα αποτελέσματα δοκιμών που δίνουν το ίδιο αποτέλεσμα θεωρούνται αληθώς θετικά ή αρνητικά18,27.
Τα δεδομένα συλλέχθηκαν χρησιμοποιώντας δομημένες φόρμες εξαγωγής δεδομένων, η εισαγωγή και η ανάλυση των δεδομένων πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας στατιστικό λογισμικό Excel και SPSS έκδοση 23.0 για περιγραφικά στατιστικά στοιχεία. Αναλύθηκαν η θετική, η αρνητική και η συνολική ποσοστιαία συμφωνία και χρησιμοποιήθηκε βαθμολογία Kappa για τον προσδιορισμό του βαθμού συμφωνίας κάθε μεθόδου με το CRS. Οι τιμές Kappa ερμηνεύονται ως εξής: 0,01 έως 0,20 για ήπια συμφωνία, 0,21 έως 0,40 για γενική συμφωνία, 0,41-0,60 για μέτρια συμφωνία, 0,61-0,80 για μείζονα συμφωνία και 0,81-0,99 για πλήρη συμφωνία28.
Ελήφθη δεοντολογική έγκριση από το Πανεπιστήμιο της Αντίς Αμπέμπα και όλα τα πειραματικά πρωτόκολλα για την παρούσα μελέτη εγκρίθηκαν από το Συμβούλιο Επιστημονικής Δεοντολογίας του Ινστιτούτου Δημόσιας Υγείας της Αιθιοπίας. Ο αριθμός αναφοράς για την Άδεια Δεοντολογίας του EPHI είναι EPHI/IRB-279-2020. Όλες οι μέθοδοι εφαρμόστηκαν σύμφωνα με τις συστάσεις και τις διατάξεις των Εθνικών Ολοκληρωμένων Οδηγιών της Αιθιοπίας για τη Θεραπεία της COVID-19. Επιπλέον, ελήφθη γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση από όλους τους συμμετέχοντες στη μελέτη πριν από τη συμμετοχή τους στη μελέτη.
Όλα τα δεδομένα που ελήφθησαν ή αναλύθηκαν σε αυτήν τη μελέτη περιλαμβάνονται σε αυτό το δημοσιευμένο άρθρο. Δεδομένα που υποστηρίζουν τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης είναι διαθέσιμα από τον αντίστοιχο συγγραφέα κατόπιν εύλογου αιτήματος.
Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας. Συστάσεις για στρατηγικές εργαστηριακών δοκιμών για την COVID-19: Προσωρινή καθοδήγηση, 21 Μαρτίου 2020 Αρ. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (ΠΟΥ, 2020).
Μούλιου, ΔΣ, Πανταζόπουλος, Ι. & Γουργουλιάνης, ΚΙ Έξυπνη διάγνωση COVID-19 στο Τμήμα Επειγόντων Περιστατικών: Ολοκληρωμένη εφαρμογή στην πράξη. Μούλιου, ΔΣ, Πανταζόπουλος, Ι. & Γουργουλιάνης, ΚΙ Έξυπνη διάγνωση COVID-19 στο Τμήμα Επειγόντων Περιστατικών: Ολοκληρωμένη εφαρμογή στην πράξη.Μούλιου, ΔΣ, Πανταζόπουλος, Ι. και Γκουργκουλιάνης, ΚΙ Έξυπνη διάγνωση της COVID-19 στο τμήμα επειγόντων περιστατικών: τα πάντα στην πράξη.Muliou DS, Pantazopoulos I. και Gurgulyanis KI Ευφυής διάγνωση της COVID-19 σε τμήματα επειγόντων περιστατικών: ολοκληρωμένη ενσωμάτωση στην πράξη. Εμπειρογνώμονας Respir. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Αξιολόγηση της δοκιμασίας COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Αξιολόγηση της δοκιμασίας COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL και St. George, K. Αξιολόγηση της δοκιμασίας COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL και St. George K. Αξιολόγηση της δοκιμασίας COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
ΠΟΥ. Εργαστηριακή ανίχνευση της νόσου του κορονοϊού 2019 (COVID-19) σε ύποπτη ανθρώπινη νόσο. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (πρόσβαση στις 15 Αυγούστου 2020) (ΠΟΥ, 2020).
Udugama, B. et al. Διάγνωση COVID-19: Ασθένειες και Εργαλεία Δοκιμών. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Ίδρυση του Κολλεγίου Παθολόγων Ανατολικής, Κεντρικής και Νότιας Αφρικής – Περιφερειακή Σχολή Παθολογίας Μέσης Ανατολής και Νότιας Αφρικής. Αφρική. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Ινστιτούτο Δημόσιας Υγείας της Αιθιοπίας, Ομοσπονδιακό Υπουργείο Υγείας. Προσωρινή Εθνική Στρατηγική και Οδηγίες για την Εργαστηριακή Διάγνωση της COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (πρόσβαση στις 12 Αυγούστου 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Ψευδώς αρνητικά τεστ για προκλήσεις και επιπτώσεις της λοίμωξης από SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Ψευδώς αρνητικά τεστ για προκλήσεις και επιπτώσεις της λοίμωξης από SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. και Kesselheim AS Ψευδώς αρνητικά τεστ για λοιμώξεις από SARS-CoV-2 και τις συνέπειές τους.Voloshin S., Patel N. και Kesselheim AS Ψευδώς αρνητικά τεστ για την πρόκληση και την επίδραση της λοίμωξης από SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Μούλιου, ΔΣ & Γουργουλιάνης, ΚΙ Ψευδώς θετικά και ψευδώς αρνητικά κρούσματα COVID-19: Στρατηγικές πρόληψης και διαχείρισης του αναπνευστικού συστήματος, εμβολιασμός και περαιτέρω προοπτικές. Μούλιου, ΔΣ & Γουργουλιάνης, ΚΙ Ψευδώς θετικά και ψευδώς αρνητικά κρούσματα COVID-19: Στρατηγικές πρόληψης και διαχείρισης του αναπνευστικού συστήματος, εμβολιασμός και περαιτέρω προοπτικές. Μούλιου, DS & Γουργουλιανής, Κ.Ι. Μούλιου, ΔΣ & Γουργουλιάνης, ΚΙ Ψευδώς θετικά και ψευδώς αρνητικά κρούσματα COVID-19: στρατηγικές πρόληψης και θεραπείας του αναπνευστικού συστήματος, εμβολιασμός και η μελλοντική πορεία.Muliu, DS και Gurgulianis, KI Ψευδώς θετικά και ψευδώς αρνητικά κρούσματα COVID-19: στρατηγικές για την πρόληψη και θεραπεία του αναπνευστικού συστήματος, τον εμβολιασμό και την μελλοντική πορεία. Εμπειρογνώμονας Αιδεσιμότατος Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Μούλιου, ΔΣ, Ιωάννης, Π. & Κωνσταντίνος, Γ. Διάγνωση COVID-19 στο τμήμα επειγόντων περιστατικών: Βλέποντας το δέντρο αλλά χάνοντας το δάσος. Μούλιου, ΔΣ, Ιωάννης, Π. & Κωνσταντίνος, Γ. Διάγνωση COVID-19 στο τμήμα επειγόντων περιστατικών: Βλέποντας το δέντρο αλλά χάνοντας το δάσος.Μούλιου, ΔΣ, Ιωάννης, Π. και Κωνσταντίνος, Γ. Διάγνωση COVID-19 στο Τμήμα Επειγόντων Περιστατικών: Βλέπε το Δέντρο, Χάσε το Δάσος.Μούλιου Δ.Σ., Ιωάννης Π., και Κωνσταντίνος Γ. Διάγνωση COVID-19 σε Τμήματα Επειγόντων Περιστατικών: Δεν υπάρχει αρκετό δάσος για τα δέντρα. Εμφάνιση. ιατρική. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Επικύρωση και Επικύρωση της Αναλυτικής και Κλινικής Απόδοσης της Δοκιμασίας Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Σύγκριση πέντε σετ εκκινητών από διαφορετική περιοχή γονιδιώματος του COVID-19 για την ανίχνευση ιογενούς λοίμωξης με συμβατική RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Σύγκριση πέντε συνόλων εκκινητών από διαφορετικές περιοχές γονιδιώματος της COVID-19 για την ανίχνευση ιογενούς λοίμωξης με συμβατική RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. και Aflatunyan, B. Σύγκριση πέντε σετ εκκινητών από διαφορετικές περιοχές του γονιδιώματος COVID-19 για την ανίχνευση ιογενούς λοίμωξης με συμβατική RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Σύγκριση 5 διαφορετικών γενετικών περιοχών της COVID-19 για την ανίχνευση ιογενούς λοίμωξης με συμβατική RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. και Aflatunyan B. Σύγκριση πέντε σετ εκκινητών από διαφορετικές περιοχές του γονιδιώματος COVID-19 για την ανίχνευση ιογενούς λοίμωξης με συμβατική RT-PCR.Ιράν. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Προκαταρκτικά αποτελέσματα του εθνικού προγράμματος εξωτερικής αξιολόγησης ποιότητας για την ανίχνευση αλληλουχιών γονιδιώματος SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Αναλυτική Αξιολόγηση της Αποτελεσματικότητας Πέντε Κιτ RT-PCR για τον Κορονοϊό Σοβαρού Οξέος Αναπνευστικού Συνδρόμου 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Αξιολόγηση επτά εμπορικά διαθέσιμων κιτ ανίχνευσης RNA του SARS-CoV-2 στην Κίνα με βάση την αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) σε πραγματικό χρόνο. κλινική. χημεία. εργαστήριο. ιατρική. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Σύγκριση επτά εμπορικών διαγνωστικών κιτ RT-PCR COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Σύγκριση της διαγνωστικής απόδοσης δύο κιτ PCR για την ανίχνευση νουκλεϊκών οξέων SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, κ.λπ. Μια συγκριτική μελέτη τεσσάρων πλατφορμών δοκιμών ενίσχυσης νουκλεϊκού οξέος (NAAT) SARS-CoV-2 έδειξε ότι η απόδοση του ID NOW υποβαθμίστηκε σημαντικά ανάλογα με τον ασθενή και τον τύπο δείγματος. διάγνωση. μικροβιολογία. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Μόριο Abbott. Ένθετο συσκευασίας ανάλυσης Abbott SARS-CoV-2 σε πραγματικό χρόνο. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Από τις 10 Αυγούστου 2020) (2020).
Klein, S. et al. Απομόνωση RNA του SARS-CoV-2 χρησιμοποιώντας μαγνητικές χάντρες για ταχεία ανίχνευση μεγάλης κλίμακας με RT-qPCR και RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).